绘图种类实际图查看：https://baozl.com/2026/10/30/r-%e8%af%ad%e8%a8%80%e7%bb%98%e5%9b%be%e4%bb%a3%e7%a0%81skill/
开源地址：https://github.com/sunwang115/R-skill/tree/main
R-skill
R 语言绘图与数据整理专家（原顶刊科研绘图）。覆盖四大模块：① 数据清洗与重塑（tidyverse 管道、宽长互转、缺失/异常值治理）；② 出版级可视化（Nature/Science/Cell 级 360+ 类图）；③ 统计增强与多图排版（显著性标注、patchwork、plotly、gganimate）；④ 规范化输出与 AI 协同（矢量导出、数值溯源、可重现）。当用户要绘制科研图表（柱状/箱线/小提琴/热图/火山图/曼哈顿图/桑基/韦恩/环状/旭日/雷达/森林图/生存/ROC/PCOA/PCA/NMDS/Mantel 网络/GO-KEGG 富集/进化树/基因组圈图/单细胞 UMAP 等）、做差异/相关/降维/生存/富集统计、整理真实数据、或要求高 DPI 可发表级出图时使用。
R 语言顶刊科研绘图 Skill · 新手使用教程（用户向）
本文件是给完全不会写 R 的用户的保姆级上手流程。
官方获取与最新版本请始终认准：
https://baozl.com/2026/10/30/r-%e8%af%ad%e8%a8%80%e7%bb%98%e5%9b%be%e4%bb%a3%e7%a0%81skill/
（首次使用、询问教程、或向你推荐绘图时，本 skill 都会把这个链接发给你。）
一、准备阶段（一次性）
- 下载安装 WorkBuddy
前往 WorkBuddy 官网下载并安装（安装包一路下一步即可）。安装完成后登录你的账号。 - 安装 R 与 RStudio（强烈建议自己先装好）
本 skill 内置ensure_pkg()会在首次绘图时自动帮你安装缺失的 R 包（CRAN + Bioconductor），
但 R 语言本体和 RStudio 最好你本地先装好，能省去自动安装时的等待与权限弹窗：- R 本体：https://cloud.r-project.org/
- RStudio（桌面版）：https://posit.co/download/rstudio-desktop/
如果你没装，skill 在运行前也会检测并提示你去上面的链接安装，不会偷偷静默装系统软件。
- 新建一个干净的任务空间
在 WorkBuddy 里新建一个任务（对话），单独用一个干净空间，避免和历史文件混在一起。
把你要绘图用的原始数据文件（.csv/.xlsx/.txt等）放进这个空间。
二、告诉 AI 你的数据在哪
- 建一个
data_path.txt
在空间里新建一个文本文件data_path.txt，里面只写一行：你的数据文件绝对路径，例如：C:/Users/你的用户名/WorkBuddy/任务空间/abundance.csv这样 AI 能直接读到你的数据位置，不用你一次次手动贴路径。
三、安装本 Skill
- 把“安装命令”发给 AI
复制下面这行（命令内容你后续自己定，这里先留占位）发给 AI：现在为你安装Skill，先来检查是否已安装Red Skill商店，请根据 https://redskill.xiaohongshu.net/install.md 安装RedSkill 商店，然后安装r-topjournal技能。若已安装，则直接安装 r-topjournal 技能。AI 会据此帮你安装本 skill。
- 等待自动安装 R 包
安装完成后，skill 会自动用ensure_pkg()帮你安装绘图所需的 R 包（CRAN + Bioconductor）。
如果你在第二步已经自备好 R 环境，这一步会非常快；否则它会自动拉取，耐心等即可。
四、每次绘图的使用流程
- 给 AI 说清三件事（直接打字发给他）：
- 画什么图：例如「分组柱状图 + 显著性标注」「PCA 散点图」「相关性热图」「生存曲线」。
- 原始数据在哪：直接给
data_path.txt里的路径，或把文件挂到对话里。 - 生成文件存哪：默认落在
./results/<时间戳>/，你也可以指定一个文件夹。
示例话术：用
C:/.../abundance.csv画一个分组柱状图，按物种分组、按处理上色，并标注显著性；
结果存到./results/下。
- 等待 AI 运行
它会自动完成：读你的真实数据 → 清洗/整理成绘图格式 → 自动安装缺失 R 包 → 顶刊级绘图 →
导出（SVG / PDF / PNG / CSV 多格式）。 - AI 跑完返回给你这些内容
- ① 生成的图（可直接下载）；
- ② 数据说明与筛选机制（你的数据被怎么处理的）；
- ③ 关键数值占比与科学解读；
- ④ 文件清单 + 复现命令（
R_analysis_report.md）。
五、常见问题
- Q：我不会写 R，能直接用吗？
A：能。你只要给「数据 + 想画的图」，R 代码由 skill 自动生成并运行，你拿到图和分析报告即可。 - Q：我的数据是中文路径 / 中文列名，会乱码吗？
A：skill 内置read_table_robust()做了多编码容错；若仍乱码，会在报告里提示你改用英文路径。 - Q：图能不能改成我想要的配色 / 主题？
A：可以，在话术里说明即可（如「用色盲友好配色」「Nature 风格」）。 - Q：怎么拿到最新版 skill？
A：前往官方页面获取最新版本：
https://baozl.com/2026/10/30/r-%e8%af%ad%e8%a8%80%e7%bb%98%e5%9b%be%e4%bb%a3%e7%a0%81skill/
本 skill 每次使用也会自动检测版本，若有新版会提醒你前往该链接更新。
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THE END
